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《酵素和酶的辩异-论酶和酵素制品的保健功能》一文中将酵素中的主要功能性成分归纳分为四类:
一、抗氧化和抗肿瘤成分
在机体的新陈代谢过程中产生的活性氧是导致衰老发生心血管病和癌症等的主要原因。酵素中的黄酮类（姜黄素、异黄酮、类黄酮等）、酚类、皂素、维生素A、维生素C及E，胡萝卜素等抗氧化成分，和含锌、铜超氧岐化酶（SOD）和含硒的谷胱甘肽过氧化酶与含铁的过氧化氢酶能够有效保护机体免受氧化伤害，而SOD的作用被认为最有效，它可快速将活性氧转化成毒性较小的过氧化氢，再由过氧化氢酶和过氧化酶将其分解成水和氧，从而将有害的活性氧清除。
酵素中还有不少具有抑制肿瘤作用的成分，例如存在于众多果蔬的花青素等类黄酮和香豆酸、阿魏酸、绿原酸、咖啡酸等桂皮酸衍生物等。
二、维生素与矿物质
酵素的矿物元素来自植物原料，酵素中的镁来自原料，也是补充镁的一个渠道。锌作为代谢酶的辅基，是保持蛋白质合成，细胞分裂正常进行所不可缺少的元素。
此外酵素中的来自天然原料的有机硒、有机锗也是人体必需的微量元素，具有抗氧化，抗癌，预防心血管病的功能，酵素中的三价铬与机体的糖代谢有关，微量的铬有助于改善机体的葡萄糖耐受量。
三、氨基酸和肽类
主要来自原料和微生物蛋白质降解所生成，在20种氨基酸中有9种是人体合成蛋白质所必需的。肽类是蛋白质降解的中间产物，除有较好的消化性外，有些由不同蛋白质，由不同专一性的蛋白酶水解所得到的肽具有特殊的生理功能，如有降血压作用的血管紧张素抑制肽（ACEI），可促进胰岛素分泌，激活巨噬细胞增强免疫力，抑制血小板凝聚，增强体力，清除自由基，醒酒，抗疲劳等种种功能的肽。
四、益生菌和益生元
“益生菌是指能够通过改善和平衡宿主肠道内菌群而对宿主健康起有益作用的微生物”，主要有乳酸细菌、双歧杆菌、某些芽孢杆菌，丁酸菌和酵母等等，酵素的保健功能很大一部分得益于益生菌，益生菌通过其生长和各种代谢作用，促使肠道菌群正常化，抑制肠道中的腐败和病原菌的繁殖。益生菌的细胞不论死活及其代谢产物能够诱导产生干扰素，活化免疫细胞，促进免疫球蛋白IgA的生产，提高机体免疫力和抑制肿瘤发生。
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