JCTC｜基于Transformer的生成模型探索蛋白质-蛋白质复合物的构象系综

文章预览

基于Transformer的生成模型探索蛋白质-蛋白质复合物的构象系综 蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)是许多蛋白质功能的基础，了解蛋白质-蛋白质相互作用的接触和构象变化对于将蛋白质结构与生物功能联系起来至关重要。虽然难以通过实验检测，但分子动力学（MD）模拟被广泛用于研究蛋白质-蛋白质复合物的构象组合和动力学，但在采样效率和计算成本方面存在很大的局限性。近日发表在Journal of Chemical Theory and Computation的论文，“ Exploring the conformational ensembles of protein-protein complex with transformer-based generative model ”，根据分子动力学模拟获得的蛋白质-蛋白质复合物构象系综训练了一个基于Transformer的生成神经网络，以直接生成具有物理真实性的新蛋白质-蛋白质复合物构象。研究人员展示了如何使用基于Transformer架构的深度学习模型，通过 MD 模拟探索蛋白质- ………………………………