有了它，基因组重复序列注释一次全搞定

文章预览

个人体验： 重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE Annotator, 一个综合性的流程工具，它整合了目前LTR预测工具结果，TIR预测工具结果，MITE预测工具结果，Helitrons预测工具结果, 从而构建出一高可信，非冗余的TE数据库，用做基因组的注释。流程图如下 安装 如果没有管理员权限，可以用conda进行安装。如果有管理员权限，可以尝试用docker或者singularity进行安装。 PS: 如果之前用过EDTA的话，可以更新一下版本，因为从1.7.0开始，EDTA把intact TE和homology based注释结合在一起，最终产生了很高质量的gff，合并了所有注释；1.7.1版把包含基因的intact也去掉了，进一步过滤。（ 来自于作者的建议 ） conda 使用conda的安装方法如下 conda create - n EDTA conda activate EDTA ………………………………