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ReactomePA安装及报错解决

生信漫漫学  · 公众号  ·  · 2024-10-13 09:30

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写在开头 在之前整理 单细胞分析环境配置 的时候,分享的单细胞常用R包,也是在单细胞多样品分析流程课程前,会让大家提前下载安装的R包 但是里面有些包是没那么容易装的,比如COSG,就需要从Github下载到本地然后安装 这次有个小可爱在安装 ReactomePA包 的时候也遇到报错了,那一起来看看后面是如何解决的叭! ReactomePA包简介 ReactomePA包是用于对筛选后的差异基因进行reactome通路富集分析。 支持多种物种: ReactomePA支持包括人类(hs)、小鼠(mm)、大鼠(rn)在内的多种物种的通路分析 具体的介绍及使用方法可见:https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/index.html 安装及报错信息 既然是 Bioconductor上面的R包,直接使用BiocManager::install下载即可 BiocManager::install( "ReactomePA" ) 但是由于 是用于进行富集分析的R包,支持多物种进行注释,那么肯定需要 ………………………………

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