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变异致病性评估网站 Varsome 和 Franklin 可以不用“梯子”

碱基序列  · 公众号  ·  · 2024-10-10 07:22
    

主要观点总结

文章介绍了Varsome数据库和Franklin网站的功能及特点。Varsome数据库不再需要“梯子”,可以直接使用,它依赖于大量外界数据库的大量准确数据,形成一个功能丰富的集合体。Varsome数据库主要用于人类基因组变异位点的搜索,可以检索基因变异位点、CNV、疾病和文献等。检索结果包括基本信息、解释说明、相关文献和基因变异的致病性评级等内容。此外,文章还介绍了Franklin网站的功能,其可以集SNP/CNV/ROH于一体进行基因组变异的致病性查询/判断。

关键观点总结

关键观点1: Varsome数据库的特点和功能

Varsome数据库不再需要“梯子”,可直接使用;它基于大量外界数据库的数据,形成一个集合体,功能丰富;主要用于人类基因组变异位点的搜索,包括基因变异位点、CNV、疾病和文献的检索;检索结果包括基本信息、解释说明、相关文献和基因变异的致病性评级等。

关键观点2: Varsome数据库的检索界面和结果展示

在Varsome数据库的检索框中输入信息,如基因变异位点等,可以跳出相关界面,展示变异位点的基本信息和解释说明;还可以展示相关文献的信息和基因变异的致病性评级,通过“棒棒糖图”展示五级分类的变异位点。

关键观点3: Franklin网站的功能

Franklin网站可以集SNP/CNV/ROH于一体进行基因组变异的致病性查询/判断。不同网站对同一变异的致病性评估可能存在差异。


文章预览

任何疑问、批评、指导,请毫不犹豫地私信作者! 全文约500字。 Varsome数据库 之前一段时间一直需要“ 梯子 ”,现在可以不用“梯子”了,直接上了! VarSome数据库在自动分类过程依赖于来自大量外界数据库(130+个)的大量准确的数据,而形成的一个集合体,功能丰富。 VarSome: the human genomic variant search engine, Christos Kopanos, Vasilis Tsiolkas, Alexandros Kouris, Charles E Chapple, Monica Albarca Aguilera, Richard Meyer, Andreas Massouras, Bioinformatics, Volume 35, Issue 11, 1 June 2019, Pages 1978–1980, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty897 按照下面格式要求输入,不局限于基因变异位点,还可以CNV,疾病,文献等。 例如, 在检索框输入ASXL3 c.3043C>T,跳出下面界面,根据位点信息可以进一步分类,也可以直接进行下一步“search” 检索结果界面 1. “Variant” 和 “Transcripts”,在这里会给出基因 ………………………………

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