GSEA 富集的 EnrichmentMap 网络怎么画？

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点击👇下方，关注益站 。 生信益站，一点就有益 ！ 设我为🌟星标，每天就能第一时间看到推送啦~ 什么是 EnrichmentMap 网络？ EnrichmentMap 对基因列表执行基因集富集分析，然后将结果可视化为网络 。 节点代表基因集（路径），边代表基因集之间的相似性（重叠）。然后构建网络，以便将高度冗余的基因集分组在一起作为簇，从而显着提高导航和解释富集结果的能力。 实战案例（GSEA 网络） 为了可视化 GSEA 结果 ，使用了 Cytoscape 环境中的 EnrichmentMap 插件。如果基因集的 FDR < 0.25 且 p 值 < 0.1，则考虑这些基因集。 对于基因集相似性过滤，数据集边缘是自动设置的。使用了 Jaccard 和 Overlap 组合度量，应用了 0.375 的截断值。对于基因集聚类，使用了 AutoAnnotate（属于 EnrichmentMap 一部分），使用马尔可夫聚类算法 (MCL)。基因集相似性系数用于边缘加 ………………………………