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最全植物基因组数据平台 IMP中文教程( 核基因组更新到 1000 个植物)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2024-09-20 21:00

主要观点总结

药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性而备受关注。为了有效利用相关基因数据,研究人员开发了整合药用植物组学平台IMP。该平台旨在解决公开访问的基因注释和表格格式基因表达数据的缺失问题。IMP收录了多种植物的基因组数据,并提供了多基因表达图谱、基因功能分析等多种功能。该平台使用了BLAST序列比对、GSEA富集分析等工具,并采用了IGV基因组浏览器进行可视化展示。IMP的发布对于推动合成生物学的发展、药物发现的天然来源探索等具有重要影响。

关键观点总结

关键观点1: IMP平台的背景和重要性

药用植物的研究现状;IMP平台解决的问题;平台对于相关领域的影响。

关键观点2: IMP平台的主要功能

收录多种植物的基因组数据;提供多基因表达图谱、基因功能分析等工具;使用BLAST序列比对、GSEA富集分析等方法。

关键观点3: IMP平台的特点和创新点

采用IGV基因组浏览器进行可视化展示;为药用植物研究提供全面的数据支持和分析工具;推动合成生物学和药物发现等领域的发展。


文章预览

药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台(https://www.bic.ac.cn/IMP 点击 阅读原文 直接跳转)。 IMP收录了 1007 个高质量的基因组(预期收录所有植物的基因组,目前已收录1007 个),整理了 848,565,672 个基因,以及 2,158 个转录组测序样本,涵盖了多个器官、组织、发育阶段和胁迫刺激。通过集成的 10 个分析模块,用户可以简单地在IMP中探索基因的注释、序列、功能、分布和表达。IMP的开发和使用将会从 ………………………………

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