Cell Genom.丨基于微扰转录组知识图谱嵌入的化合物-蛋白质相互作用预测

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近日，中国科学院上海药物研究所 郑明月 课题组，在 Cell Genomics 期刊发表题为 Identifying compound-protein interactions with knowledge graph embedding of perturbation transcriptomics  的研究论文。 该研究提出基于知识图谱的计算模型PertKGE，以数据驱动的形式从微扰转录组数据中解耦出化合物-蛋白质相互作用 （CPI） 。 化合物和蛋白质是药物发现中两个最基本的实体，建模它们之间的相互作用是药物发现的基础。尽管目前仍然没有一种通用的计算方法可以预测和解释所有的化合物-蛋白质相互作用，但是研究人员们可以利用不同的生物数据、从多种研究视角构建化合物-蛋白质相互作图谱。 在药物发现领域，微扰转录组学联系起了药物发现中最重要的实体 （化合物） 和组学数据之间的联系，提供了化合物微扰受试体 （单细胞、细胞系、病人） 后产生的直观微扰结果， ………………………………