Nature | 傅熙等开发基础模型以研究转录调控的细胞特异性

文章预览

转录调控在生物过程中扮演着核心角色，但其细胞特异性一直是生物学研究中的重大挑战。 2024年1月8日，哥伦比亚大学 Raul Rabadan 、 傅熙 ，卡内基美隆大学 Eric P. Xing 和清华大学的研究人员合作 （共通一作为傅熙、Shentong Mo和Alejandro Buendia） 在 Nature 上发表了文章 A foundation model of transcription across human cell types ， 开发出了一个名为General Expression Transformer （ GET ） 的可解释基础模型，该模型通过分析213种人类胎儿和成年细胞类型的染色质可及性数据，成功构建了一个具有通用性的转录调控预测模型。 本研究的主要突破在于，GET模型仅依赖染色质可及性数据和序列信息，就能够在此前从未见过的细胞类型中实现实验级别的基因表达预测准确性。研究团队证实，GET模型具有出色的适应性，不仅能够适应新的测序平台和分析方法，还能在广泛的细胞类型 ………………………………