Nature子刊，使用3D transformer和HMM对冷冻电镜密度图进行从头原子蛋白结构建模

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将 ScienceAI   设为 星标 第一时间掌握 新鲜的 AI for Science 资讯 编辑 | 萝卜皮 从冷冻电子显微镜密度图准确构建三维原子结构，是基于冷冻电子显微镜的蛋白质结构测定的关键步骤。对于缺乏准确同源结构或预测结构作为模板的蛋白质，将密度图转换为三维原子结构仍然是一项重大挑战。 密苏里大学（University of Missouri）的研究人员介绍一种全自动冷冻电子显微镜 从头 结构建模方法 Cryo2Struct。 Cryo2Struct 利用 3D transformer 识别冷冻电子显微镜密度图中的原子和氨基酸类型，然后使用创新的隐马尔可夫模型 (HMM) 连接预测的原子并构建蛋白质骨架结构。 Cryo2Struct 生成的蛋白质结构模型比广泛使用的从头算方法 Phenix 准确得多、更完整。此外，其在构建原子结构模型方面的性能，对密度图分辨率和蛋白质结构尺寸的变化具有很强的稳定性。 该研究以「 De n ………………………………