Nature | 从基因组到公共卫生：Phylowave如何重塑病原体适应性监测

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引言 在全球化的时代，传染病对健康和社会稳定构成了持续的威胁。从新冠病毒（SARS-CoV-2）到流感病毒（H3N2），再到百日咳杆菌（Bordetella pertussis）和结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis），这些病原体展现了惊人的适应能力，其基因多样性和传播动力学不断演变，为公共卫生带来了巨大挑战。研究人员发现，某些病原体的特定基因型或变异株会在特定时间内具有显著的“适应性优势”，即在传播和存活能力上表现得更为优越。这种优势可能与逃避免疫、提高传染性或对环境变化的适应能力密切相关。 然而，如何及时识别这些具有适应性优势的变异株，并揭示其背后的驱动机制，一直是疾病生态学和公共卫生研究中的重要难题。 1月1日 Nature 的研究报道“ Learning the fitness dynamics of pathogens from phylogenies ”，提出了一种名为“Phylowave”的全新方法， ………………………………