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生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-07-30 18:10

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Causal effect of gut microbiota on pancreatic cancer: A Mendelian randomization and colocalization study ”,这篇文章发表在 J Cell Mol Med 期刊上,影响因子为4.3。 结果: GM与PC之间的因果关系 共纳入211种转基因基因,含14,581个SNPs(p < 1.0e-5)。基于IVs选择和局部聚集原则(LD, r^2 < 0.01, window = 5000 kb),共鉴定出2769个SNPs为IVs。最后,作者检测到9种与PC有因果关系的GM(共98个SNP),包括4种保护性转基因和5种风险相关的GM(图2).每个相关的SNP对结果的影响如图所示3.详细信息可以在表S2中看到,IVs的F统计量在19.07和31.12之间(表S3),均超过10。Cochrane's Q 检验和 I^2 对 IVW 和 MR Egger 的差异无统计学意义(Cochrane Q > 0.05,I^2 < 0.05;表S4和表S5)和MR-Egger回归截距分析未发现水平多效性(表S6)。Steiger检验表明,没有反向因果关系(表S7 ………………………………

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