怎样优秀的单细胞分析才配得上Cell Research

主要观点总结

本文介绍了关于鼻咽癌微环境图谱的研究，通过对15例原发性鼻咽癌肿瘤和1个正常样品进行单细胞转录组测序，揭示了鼻咽癌肿瘤内的转录异质性，并分析了免疫细胞的潜在转录调控因子和细胞间相互作用。研究建立了免疫细胞亚型特异性的转录组特征，并关联了临床病理特征和生存率。

关键观点总结

关键观点1: 研究背景

鼻咽癌是头颈癌的独特亚型，地域分布极为不均衡。与EB病毒感染高度相关，在病理学上发现肿瘤周围和内部免疫细胞大量浸润。

关键观点2: 研究方法

样本：15名鼻咽癌的患者+1名正常鼻咽上皮组织。测序方法：10× Genomics +whole-exome sequencing (WES) +bulk RNA-seq。数据分析包括工具筛选、降维聚类、细胞类型定义、双细胞去除、CNV分析、伪时序分析、通路富集分析、转录调控分析和细胞互作等。

关键观点3: 研究结果

1）揭示了鼻咽癌微环境的单细胞图谱及细胞分型。2）识别了反映恶性细胞肿瘤内转录异质性的特征。3）分析了恶性特征与临床病理特征的相关性。4）发现了NPC单核细胞-巨噬细胞分化的新型髓样细胞亚型和调控因子。5）分析了T/NK细胞分群和B细胞。6）揭示了NPC TME中的复杂细胞间通信网络。7）研究了免疫细胞与临床病理特征及生存率的关系。

关键观点4: 研究结论

本研究通过单细胞图谱分析，深化了对鼻咽癌微环境的理解，揭示了免疫细胞的特性和功能，为NPC的精确疗法奠定了新的基础。

文章预览

上辈子作恶多端，这辈子早起搬砖， 今天 介绍一篇发表于 Cell Research（IF：28） 关于 鼻咽癌的微环境图谱 的文章。 作者从15例原发性鼻咽癌肿瘤（NPC）和1个正常样品中捕获了7581个恶性细胞和40,285个免疫细胞的单细胞转录组谱， 揭示了肿瘤内的转录异质性并预测了恶性细胞的侵袭性。作者进一步揭示了免疫细胞潜在的转录调控因子，并且揭示了细胞间相互作用，为NPC的精确疗法奠定了新的基础。 此外，作者建立了免疫细胞亚型特异性的转录组特征，并证明巨噬细胞，浆细胞样树突状细胞（pDC），CLEC9A + DC，自然杀伤（NK）细胞和浆细胞与NPC生存改善显著相关。       研究背景   （1） 鼻咽癌（NPC）是头颈癌的独特亚型，地域分布极为不均衡。在病因上，NPC与EB病毒感染高度相关，在病理学上发现肿瘤周围和内部免疫细胞大量浸润；             ………………………………