专栏名称: 生信分析手册
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4+细胞焦亡+机器学习的纯生信文章,不用做实验也能发文章~新手小白适用!!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-07-04 18:00

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Pyroptosis-related signatures predict immune characteristics and prognosis in IPF”,这篇文章发表在 Heliyon. 期刊上,影响因子为4。 结果: 发现与细胞焦亡相关的基因,差异表达 在GSE70866数据集中使用Freiburg队列来比较IPF患者和健康对照组之间基因差异表达(DEGs),使用“Limma”软件包。发现在IPF中有909个基因上调和1271个基因下调(图1A),而CYTL11、ITGB3、PPBP、SPP1、CYP1B1、SFTPB、MMP7、GPR182和NALCN显示出最大差异(P < 0.01)。根据筛选标准,在IPF和健康对照组之间确定了34个与 细胞焦亡 相关的基因(PRGs),其中包括19个显著上调的PRGs和15个显著下调的PRGs(图1B和C)。不同表达的PRGs被用于通过STRING生成基因网络复合物(图S1)。在这34个差异表达的PEGs之间存在高度相关性,并且已经探索了共表达关系(图2A)。根据GO和KEGG分 ………………………………

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