Nature Machine Intelligence | 借助超网络调控扩散技术探索肽能量景观中的构象之旅

文章预览

加 星标 ，再也不怕错过更新！方法见文末动图。 蛋白质与肽的相互作用在分子途径中无处不在，是许多细胞功能不可或缺的组成部分。据估计，多达 40% 的蛋白质-蛋白质相互作用是由肽结合介导的。肽是一类高度灵活的分子，参与多种生物过程，作为治疗药物备受关注。目前，深度学习方法在生物分子结构的单态预测方面取得了长足进步。最显著的例子是 AlphaFold2 （AF2） 在蛋白质结构单态建模方面取得的成功。然而，生物分子的功能取决于它们所能呈现的构象范围，AF2仍然存在一些失效情况，而且无法捕捉到多肽的各种构象。 2024年6月，在 《Nature Machine Intelligence》 上发表了一篇题为 “Direct conformational sampling from peptide energy landscapes through hypernetwork-conditioned diffusion” 的文章。该文介绍了一种名为PepFlow的可转移生成模型，能够直接从输入肽的构 ………………………………