单细胞数据的GSVA

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单细胞数据的GSVA和芯片、bulk转录组的GSVA没有本质区别，就使用AverageExpression获取平均表达量得到新的表达矩阵再计算即可。 1.加载数据和R包 获得每种细胞的平均表达量  rm(list = ls()) library (Seurat) library (GSVA) library (clusterProfiler) load( "seu.obj.Rdata" ) table(Idents(seu.obj)) # #  # #  Naive CD4 T   CD14+ Mono            B        CD8 T           NK FCGR3A+ Mono  # #         1675         1206          598          406          337          125  # #     Platelet           DC  # #           48           88 exp  =  AverageExpression(seu.obj)[[1]] # exp =  AggregateExpression(seu.obj)[[1]] exp  =  as.matrix(exp) exp  =  exp[rowSums(exp)>0,]  exp[1:4,1:4] # #          Naive CD4 T  CD14+ Mono          B      CD8 T # # TSPAN6     ………………………………