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我们马拉松授课最后一个单元是转录组数据分析,包含了上游的Linux和下游的r,而且还有单细胞相关内容。其中单细胞转录组上游流程最经典就是10x技术,如果是正常的10x技术的单细胞转录组: 正常走cellranger的定量流程即可,代码我已经是多次分享了。参考: 10X单细胞转录组原始测序数据的Cell Ranger流程(仅需800元) 10X的单细胞转录组原始数据也可以在EBI下载 一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群 一文打通单细胞上游:从软件部署到上游分析 PRJNA713302这个10x单细胞fastq实战 一次曲折且昂贵的单细胞公共数据获取与上游处理 只能下载bam文件的10x单细胞转录组项目数据处理 不知道10x单细胞转录组样品和fastq文件的对应关系 10X单细胞转录组测序数据的 SRA转fastq踩坑那些事 10x的单细胞转录组fastq文件的R1和R2不能弄混哦 但是学员在使用我们的教程
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