Sci Rep | 单细胞和批量RNA测序的综合分析揭示了一种基于NK细胞标记基因的新特征，以预测胃癌的预后和免疫治疗反应

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇文章“ Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing reveals a novel signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in gastric cancer ”，这篇文章发表在 Sci Rep 期刊上，影响因子为3.8。 结果： NK细胞标签基因的鉴定 从scRNA-seq数据集（GSE 183904）获得来自8个原代GC样品的24，860个细胞的基因表达谱。在数据标准化后，选择前1500个可变基因并用于PCA分析以降低维度（图1A-C），并选择P < 0.05的15个PC用于进一步分析（图1D）。作者进行了t-SNE分析以可视化细胞分布，然后鉴定了17个细胞亚型，并且每个亚型显示出不同的基因表达谱（图1E-F）。作者使用“singleR”算法来注释不同的细胞亚群，并将亚型13鉴定为NK细胞的亚群（图1G）。最后，在NK细胞亚型中鉴定了总共377个基因;这些被认为是NK细胞特征基因。 用于GC预后 ………………………………