主要观点总结
本文介绍了细胞通讯分析的另一个软件CellChat的原理及应用思路。内容包括CellChatDB数据库详情、CellChat算法原理、CellChat的应用思路等。重点介绍了数据库的特点，算法的流程和应用思路，并提供了相关的图表和解释。
关键观点总结
关键观点1: CellChatDB数据库特点
CellChatDB是手工整合的配体、受体及其复合体、辅助因子的互作关系数据库，来源于KEGG pathway数据库的信号相互作用信息和实验研究的文献。具有物种多样性，包括人、小鼠、斑马鱼的数据库，还有配受体对的通路、功能注释、疾病、亚细胞定位、是否跨膜、神经递质的相关信息。
关键观点2: CellChat算法原理
CellChat算法通过输入标准化后的基因表达量矩阵，经过差异表达基因检验筛选过表达基因，并计算配受体基因在亚群中的平均表达量。还考虑了激活剂和抑制剂的辅助因子对配受体互作关系的影响。通过质量作用定律模拟配受体的相互作用强度，并利用置换检验来识别细胞之间的显著互作关系。
关键观点3: CellChat的应用思路
CellChat的应用主要包括细胞对互作分析、配受体对分析、通路相关的细胞对互作分析以及通路相关的配受体对互作分析。还可以比较不同样本/分组间的细胞通讯强弱差异，挖掘实验处理效应带来的细胞亚群间细胞通讯差异。
文章预览
上期我们介绍了CellphoneDB原理和应用思路，具体可查看 《先收藏！史上最详细的细胞通讯CellphoneDB原理和应用思路》 ，本期我们继续介绍细胞通讯分析的另一个软件CellChat原理及应用思路。 本期内容主要介绍CellChatDB数据库详情、CellChat算法原理、CellChat的应用思路。 一、CellChatDB数据库详情 01 数据库总览 CellChatDB是手工整合的配体、受体及其复合体、辅助因子的互作关系数据库，其中辅助因子包含配体激活剂、配体拮抗剂、受体共刺激分子、受体共抑制分子。 CellChatDB来源KEGG pathway数据库的信号相互作用信息和实验研究的文献。官方配置人、小鼠、斑马鱼的数据库。此外，CellChatDB还有配受体对的通路、功能注释、疾病、亚细胞定位、是否跨膜、神经递质的相关信息。 图1 CellChatDB数据库详情 02 数据库生成原理 CellChatDB主要来自KEGG pathway数据库，从下
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