用这个工具你也能画出CNS级别的共线性图

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在「JCVI教程」编码序列或蛋白序列运行共线性分析流程（上）还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的强大之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓展下思路。 首先要运行如下代码获取目的数据 python - m jcvi . apps . fetch phytozome Vvinifera , Ppersica , Tcacao python - m jcvi . formats . gff bed -- type = mRNA -- key = Name Vvinifera_145_gene . gff3 . gz - o grape . bed python - m jcvi . formats . gff bed -- type = mRNA -- key = Name Ppersica_139_gene . gff3 . gz - o peach . bed python - m jcvi . formats . gff bed -- type = mRNA -- key = Name Tcacao_233_gene . gff3 . gz - o cacao . bed python - m jcvi . formats . fasta format -- sep = "|" Vvinifera_145_cds . fa . gz grape . cds pyth ………………………………