从Nat Cancer 详解Scenic+用法：单细胞转录因子分析

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昨天的推送 原来Scenic转录因子分析升级到Scenic+了，这篇Nat Cancer做了一个示范应用 中，钱博士和大家推送介绍了SCENIC+的文献应用。钱博士前几天和我聊了一下这个工具，刚好最近要用到这一部分的分析，简单分享下我的学习笔记。 对于有单细胞转录组和ATAC-seq测序数据的同学，使用SCENIC+进行转录因子分析再合适不过了。Nat Cancer的脚本是这两种测序技术进行联合分析非常好的示例代码，有兴趣的同学可以自行访问github学习（SC_TALL/SCENIC+ at main · tanlabcode/SC_TALL）。 github提供的脚本包含以下几个主要模块： 准备 FASTA 文件并基于 ATAC 峰创建峰值文件 Prepare_FASTA.sh：准备包含感兴趣区域的 FASTA 文件。 Prepare_Data_BMP_TSpec.R：使用 ATAC-seq 峰值生成 cistarget 数据库所需的bed文件。 Create_Cistarget_Motif.sh ：以正确的格式准备数据库 结合ATAC-seq数据库结果，构建本地 ………………………………