#分子模拟#可视化软件VMD原子选择详解

文章预览

VMD是一个非常优秀的分子模拟可视化软件，与Pymol，UCSF Chimera齐名，个人还是最喜欢使用VMD，唯一不好的一点是其主要支持的脚本语言为没落的TCL语言。但是VMD在分子模拟轨迹分析中占有非常重要的作用。可谓不可不学习呀。VMD的快速入门网上已经有中文教程，这里不做过多讲解，若没有一点基础，可以先看网上的教程。 今天和大家分享VMD的原子选择方面的内容。 VMD官方教程使用的原子为肌红蛋白PDB，mbco.pdb，该结构文件可以在此下载或者官网下载。 概览 原子的选择最基本的参数莫过于一些基本参数，在Graphical Representations中的Singlewords可以查看。 基本参数例如： protein ， not protein ， nucleic backbone 原子名称例如： atom C 残基名称例如： resname HEM 当然一个参数也 ………………………………