读《人类线粒体基因组》|系统回答：线粒体基因表达阈值到底卡多少合适

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跟着运来兄搭建自己的生物信息小书房。趁年轻，读几本硬书，到老了慢慢反刍。 《人类线粒体基因组》是咱们生信书房推荐的第 59 本书，点击题图👆查看列表。之所以会关注到这本书，是因为单细胞数据分析中的一个经常需要考虑的问题： 单细胞转录组数据质控中，线粒体基因阈值卡多少合适？ 何出此问？有几方面的原因： 线粒体基因表达量高，说明样本质量可能不好 数据分析中，垃圾进垃圾出(garbage in，garbage out,GIGO) 在Seurat/scanpy标准教程中，有一个适用于PBMC的阈值，但是其他组织不知道。 # The [[ operator can add columns to object metadata. This is a great place to stash QC stats pbmc[[ "percent.mt" ]] "^MT-") ... pbmc  200  &  nFeature_RNA  我们总是对未知有着某种恐惧，万一数据不好，那不是瞎子点灯--白费啦了吗？所以一定要去除干净才好往下分析。 ………………………………