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上期我们介绍了 《空间通讯分析:揭示细胞对互作网络的新视角》 ,还有前面两期,主要介绍细胞通讯分析软件的原理、应用思路、结果可视化等,本期我们对细胞通讯分析常用软件CellphoneDB、CellChat做一个系统性的比较,让大家对细胞通讯分析内容有更深入的理解,也可以在自己的项目分析中更加使用自如。 《先收藏!史上最详细的细胞通讯CellphoneDB原理和应用思路》 《细胞通讯CellChat工作原理及应用思路》 本期内容:两种软件自带的数据库比较、算法原理比较、应用情景推荐。 一、数据库比较 1 CellphoneDB和CellChatDB的不同比较 这两种数据库适用的物种有所不同,数据库也各有特色,其中CellphoneDB依靠受体-TF的互作关系,为配受体互作关系的结果准确性提供辅助依据,而CellChatDB依靠KEGG通路的上下游辅助因子,为配受体互作关系的结果准确性提供
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