专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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R的日常-解决R包demo数据找不到的问题

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-03-09 16:54
    

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按照xcms给的LC-MS/MS数据处理的代码,出现如下报错: > dda_file + package = "msdata") > dda_data Error in FUN(X[[i]], ...) : inherits(x, "mzR") is not TRUE In addition: Warning message: In normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) : path[1]="": 文件名、目录名或卷标语法不正确。 查看dda_file: > dda_file [1] "" 为空。说明该路径下没有我们需要读取的文件。于是去翻安装好的msdata包。果然没有对应的数据提供。 既然这个数据被用到,这个数据肯定曾经存在过。只是不在这个版本里面。 那,在哪个版本里呢? 仔细查看文档,发现文档引用了这个数据的文献: Ludwig C, Gillet L, Rosenberger G, Amon S, Collins BC, Aebersold R: Data-independent acquisition-based SWATH-MS for quantitative proteomics: a tutorial. Molecular systems biolo ………………………………

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