Nat. Chem. Biol. | 可扩展至10万个PPI！MP3-seq大规模并行测量蛋白质相互作用

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DRUG AI 今天为大家介绍的是来自华盛顿大学Georg Seelig团队的一篇论文。蛋白质–蛋白质相互作用（PPIs）调控着许多细胞过程，且经过工程改造的PPIs在细胞和基因治疗中具有应用价值。作者在此介绍了一种大规模并行的PPI测量方法——MP3-seq，这是一种简单易用且高度可扩展的酵母双杂交方法，用于测量PPIs。在MP3-seq中，DNA条形码（barcode）与特定的蛋白质对关联，条形码的富集情况可通过测序读取，从而直接测量相互作用的强度。作者展示了MP3-seq的高度定量特性，并可扩展到超过10万个相互作用。作者应用MP3-seq对经过合理设计的异源二聚体家族间的相互作用进行了表征，并研究了什么元素能够给coiled-coil相互作用添加特异性。最后，作者使用AlphaFold-Multimer（AF-M）预测螺旋异源二聚体的结构，并在基于物理的能量项上训练线性模型以预测MP3-seq的数值。 ………………………………