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5+单细胞空转+单基因+实验验证,非常优质的生信文章,值得收藏!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-11-15 18:16
    

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Spatial and single-cell analyses uncover links between ALKBH1 and tumor-associated macrophages in gastric cancer”,这篇文章于2024年2月06日发表在 Cancer Cell Int 期刊上,影响因子为5.3。 结果: 通过综合分析揭示 STAD 中 ALKBH1 的遗传改变 作者根据 TCGA 的 STAD 数据集初步确定了 STAD 中 ALKBH1 改变的频率和类型,并发现 cBioPortal 数据集显示 ALKBH1 基因在所有癌症的 2.1% 中发生突变(图 1)。 1 A). 作者进一步研究了 TCGA 数据集中不同肿瘤类型中 ALKBH1 的遗传改变,并观察到 STAD 肿瘤的遗传改变频率排名第四,主要是突变、扩增和深度缺失 (图 . 389 此外,作者发现来自 1 个氨基酸的错义突变是所有 TCGA 肿瘤样本中遗传改变的主要类型(图 D)。 1 此外,作者使用 cBioPortal 数据库对 ALKBH4028 改变的并发基因改变频率进行分析,发现在 ALKB ………………………………

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