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生信钱同学
北京大学在读博士生,记录自己的学习日常🌞分享生信知识:如单细胞和空间测序、多组学分析、宏基因组、病理组学、影像组学等生物信息学、机器学习和深度学习内容🌬
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生信钱同学
这肯定算是空间组学的高级分析内容了,应该是目前对我帮助非常大的一篇文章
生信钱同学
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公众号
· · 2024-08-21 07:00
文章预览
问题: 假如你在空间转录组上看到一个感兴趣的区域,这个区域很特别,你就想看看在这个区域的周围/距离这个目标区域的距离的远近是否存在某些特征的变化(比如基因?细胞比例构成?) 如果自己写代码,确实会难道一部分同学,很多文章中利用空间组学的数据利用率很低,其实有很多地方可以挖掘。 比如樊嘉院士这个肿瘤边界距离计算,就是大家学习的模版,现在都需要细化研究了。 今天的这个文章用的其实是21年一篇NC的方法,想充分用好你的空间组学数据,真的值得看看 有什么用?作者就想研究空间组学上的一些特殊的空间特征与基因或其他特征的距离关系。比如,哪些基因是距离下面这个静脉区表达越来越高/低或者哪些细胞类型越来越富集?我觉的只要是spot利的特征,都可以看这些距离关系 这个也同样,这个感染区域的附近或远 ………………………………
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