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SeuratData数据集查看与下载

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-10-12 09:30

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写在开头 在学习SLE系列代码的时候,用到了 SeuratData 里面的示例数据集——infb 那既然都用到了 SeuratData 和里面的示例数据集,那就一起来了解一下 SeuratData 包叭! SeuratData包简介与安装 SeuratData是一种使用R的内部包和数据管理系统以Seurat对象的形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种简单的方法来访问在Seurat视图中使用的数据集。 SeuratData包存放在Github上面,所以下载的时候需要使用devtools去下载安装 devtools::install_github( 'satijalab/seurat-data' ) Github的包有时候会下载失败,如果下载失败的话,可以考虑下载到本地然后从本地导入 —— R包安装方式以及Github包安装报错解决 library(SeuratData) 加载的时候会显示出下载了哪些示例数据集 SeuratData示例数据集下载 因为之前只用到了pbmc3k以及infb的数据集,就单独下载的两个数据集。 本着了解一下全部数据的 ………………………………

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