单细胞数据挖掘进阶分析之亚群细分

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单细胞亚群注释可以说是单细胞分析中最难的一个部分，本帖深入讨论上皮细胞、基质细胞、淋巴细胞和髓系细胞的亚群细分和注释，希望能够帮助大家了解单细胞亚群细分思路和命名策略！ 一.  单细胞亚群细分之思路总结 首先，总结一下单细胞亚群细分的步骤框架： image-20240815123550804 具体来说，我们可以使用subset函数对首次分群的单细胞seurat数据提取目标亚群，用作后续的亚群细分，提取的框架主要是围绕这五个部分，上皮细胞，成纤维细胞、内皮细胞、淋巴细胞和髓系细胞。 然后按照首次分群的代码，除了质控以外，重新运行一次，然后进行降维聚类和注释，这样就完成一个部分的亚群细分了。 例如，这里我把首次分群里的髓系细胞包括DCs，pDCs和Mono/Mac利用subset函数提取出来，然后进行三步（包括标准化，特征选择和归一化分析），然后 ………………………………