单细胞GSVA分析专用R包

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单细胞转录组数据分析最基础的就是给每个细胞一个身份，通常是降维聚类分群后然后对每个亚群进行描述，首先可以描述每个亚群的高表达量的特异性基因，然后可以对基因进行生物学功能数据库注释。也可以直接对亚群进行打分，比如gsea和gsva算法，针对免疫或者代谢等基因集进行打分，也是拿到每个亚群的特异性生物学功能。 之前我们介绍过 irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架 ，针对 17种常见的Functional Class Scoring (FCS)方法 进行了benchmark，感兴趣的可以仔细读一下。最近恰好看到了密西根大学的Research Assistant Professor Neurology的Kai Guo的github也有一个打分工具：https://github.com/guokai8/scGSVA ，也值得介绍一下： 基于基因列表的生物学功能数据库注释 单细胞转录组降维聚类分群大家都应该是很熟悉了，有了分群结果就可以很容易找到每 ………………………………