《Narure Biotechnology》教你怎么"捏造"单细胞数据

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一、写在前面 目前单细胞已经走向多组学发展道路，不仅局限于mRNA，染色质可及性、DNA甲基化、蛋白质定量都开始上桌竞争。相较于建库测序技术的进步，算法与软件的更新总是慢上一排，即使是这样，目前也有超过数千种的单细胞测序相关算法。各项算法工具的推出也让各位产生了一定的选择困难，如何用稳定的、公平的、没有人工/批次效应的数据与方法测评这些软件工具也是一个难点。公平的基准测试要求计算机数据包含真实数据并模拟真实数据，因此需要真实的模拟器和基准测试研究。加州大学洛杉矶分校的团队就推出了一个统计模拟器 scDesign3，能够生成逼真的合成数据，包括细胞潜在结构、细胞轨迹、组学特征、空间位置、 实验设计、技术平台等信息。scDesign3能够模拟10X Visium、Slide-seq、10x scATAC-seq、sci-ATAC-seq多种单细胞/空间技术(Figure ………………………………