折叠匠人FoldMason：Foldseek系列新作，多结构比对

文章预览

上周（2024.8.3），首尔大学 Martin Steinegger 课题组发布了Foldseek系列的新工作——“折叠匠人” FoldMason 。 如题所示， FoldMason的功能是蛋白的大规模的多结构对齐/比对 （multiple structure alignment, MSTA ），而MSTA的难点恰在大规模。 简介这篇工作前，我们先梳理Foldseek系列工作的联系： Foldseek （2022.2）, 化三维结构为一维序列，快速比对结构，从而快速搜索结构。 Foldcomp （2022.12），压缩三维结构，高效存储AFDB。 Foldseek-cluster （2023.3），利用foldseek对大量结构进行聚类，聚类分析整个AFDB。 Foldseek-multimer （2024.4），将foldseek延展到多体蛋白。 FoldMason （2024.8），多结构对齐，能分析由foldseek-cluster获得的AFDB聚类。 前三个工具，我们在去年的文章 《 蛋白结构生物信息学的造极：AlphaFold DB的结构挖掘 》 中较详细地介绍过。 我们可以看出，其中最关键的是三步 ………………………………