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【flowjo】流式笔记:UMAP图可视化

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-12-11 12:30
    

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Ng MSF, Kwok I, Tan L, et al. Deterministic reprogramming of neutrophils within tumors. Science . 2024;383(6679):eadf6493. 出自Science神刊,果真精美绝伦! 另有来自Cell的美图⬇ Ballesteros I, Rubio-Ponce A, Genua M, et al. Co-option of Neutrophil Fates by Tissue Environments. Cell . 2020;183(5):1282-1297.e18. Kwok I, Becht E, Xia Y, et al. Combinatorial Single-Cell Analyses of Granulocyte-Monocyte Progenitor Heterogeneity Reveals an Early Uni-potent Neutrophil Progenitor. Immunity . 2020;53(2):303-318.e5. doi:10.1016/j.immuni.2020.06.005 特别是这篇文章,大量运用了 InfinityFlow pipeline 来处理流式数据,感兴趣的话可以着重看这篇。 基于package 既然都提到了InfinityFlow,我们就先来了解一下都有哪些包能完成流式的可视化分析—— 这是基于R的: https://github.com/ebecht/infinityFlow https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tidyFlowCore.html 也有基于python的包: https://github.com/Kyl ………………………………

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