Nat Commun丨开发基于深度学习的单细胞水平具体转座子位点表达定量模型

文章预览

转座子 (Transposon) ，又称转座元件或跳跃基因，是哺乳动物基因组的重要组成部分，在基因调控、基因组进化和细胞间异质性中发挥着关键作用。尽管部分转座子仍然活跃并能够在基因组中跳跃，但大多数转座子已经积累了突变和退化，使其失去了主动转座的能力。因此，许多转座子被保留在基因组中并作为调控元件发挥作用。这些非编码功能包括调控基因表达以及形成长链非编码 RNA （lncRNA） ，这些 RNA 参与关键的调控网络，影响基因表达和细胞功能。尽管转座子扮演着这些重要角色，但由于其重复序列和高拷贝数导致的多重比对测序读段 （reads） 定量的挑战，我们在单细胞水平上对特定位点转座子的理解仍然有限。 转座子高多重比对读段的挑战 从转座子的高对比读段中准确量化表达量是这个领域的一项重大挑战。许多现有的单细胞转座子量 ………………………………